承認取得後も検査があり、違反が認められれば、承認が取り消される更新制となりました。
内部監査の機能強化として、総合衛生管理過程で承認をうけた施設は、食品衛生管理者を設置することが義務づけられており、食品衛生管理者は事業者に対して必要な意見を述べ、営業者は食品衛生管理者の意見を尊重しなければなりません。
外国において食品を製造、加工しようとする場合も対象となります。またHACCP支援法では認定の対象を工場単位としていますが、本制度では、施設単位となりますので注意が必要です。考慮すべき危害原因物質も食品の種類ごとに示されています。それらは厚生労働省の認証施設に関するホームページで確認することが可能です。